FTP utilizza due connessioni separate per gestire comandi e dati. Un server FTP rimane tipicamente in ascolto sulla porta 21 TCP a cui si connette il client. Il canale di dati che si apre può essere di due tipi: attivo, quando il client apre una connessione ad una porta casuale e attende la risposta del server (PORT o EPRT); passiva quando è il server ad aprire una porta casuale e ad attendere la connessione del client (PASV o EPSV).
Il canale comandi rimane sempre aperto durante la connessione, mentre se necessario viene aperto un secondo canale per il trasferimento dati. Tra le numerose funzionalità di un server FTP troviamo: download/upload di file, resume di trasferimenti interrotti, rimozione e rinomina di file, creazione di directory e navigazione tra le directory.